1875（明治８）年に東本願寺によって創立され、親鸞上人の教えを基盤とした全人教育の徹底と、中高一貫の教育課程に基づいて基礎学力の充実をはかることを目標とする学校。

明治８年（1875年）、東本願寺によって下京区内に京都府下小教校として開校。翌年、東山区の現在地に学校を建設した。昭和38年、高校普通科の中にバタビアコースを開設し、バタビアコースは６ヵ年一貫コースとなった。平成２年から始まった総合計画の結果、大谷中学校は平成９年、中学１年生より男女共学を開始し、平成12年からは高校部も男女共学とした。さらに平成19年度からはバタビアコースをさらに発展させるためにコースを２分化、マスタークラスとコアクラスを発足させ、平成22年からは中学校もマスターJrクラスとコアJrクラスをスタートさせた。2005年（平成17年）創立130周年記念式典を挙行。

キャンパス総合整備計画がなされており、智身館という体育アリーナ、講堂、プールなどが整備される。広いキャンパス内には、北館、東館、西館、図書館棟が立ち並び、普通教室のほかにも情報処理教室、生物実験室、美術室、和室、食堂・コンビニ等、学生たちの学習・生活に必要な環境が揃っている。屋上スペースでは学生たちが笑いながらランチを食べる姿も見られる。

個々の生徒の能力を十分発揮させるため、1960（昭和35）年「バタビアシステム」を採用。教科担任と学級担任とが互いに緊密な連絡をとって、深い観察のもとにきめ細やかな指導を行う。それによって理解度の遅れた生徒には確実な理解を深めさせることが可能となり、能力に応じた十分な学力を養っていく。また、基礎体力の充実をはかるとともに、協調精神を身につけるために、クラブ活動も重視されている。野球・吹奏楽などはなかなか優秀。2010（平成22）年より中学ではマスターJrクラスとコアJrクラスを編成。マスターJrは中学３年間で高１分野まで先取り学習を行う。コアJrはバタビアシステムを継続。高校のマスタークラス・コアクラスへつながる。

サッカー、スキー、テニス、バドミントン、ホッケー、バレーボール、軽音楽、科学、放送、歴史研究など、さまざまなクラブが活発に活動している。2022年4月より男子の学生服が廃止され、ブレザー・ネクタイに変更された。また、女子制服にリボンが追加。その他にも男女共に制服に大幅な変更がなされた。

・入試に向けて予想したR4（※）偏差値一覧
・入試結果R4（※）偏差値一覧

※『R4』とは、合格可能性を示す数値で、偏差値による合格率の各段階（RANGE＝レンジ）を示し、『R4＝80%、R3＝50%、R2＝20%』を意味します。