情熱と主体性をもって行動し、自分の夢や目標を実現していく「セルフ・リーダーシップ」を教育目標に掲げる。「ほめる」「認める」「見守る」「努力が報われる」「学ぶ意欲を育てる」東山独自の教育文化と中高一貫教育により、生徒一人ひとりが、自らの成長を実感しながら、生きる力を身につけていくよう配慮されている。建学の精神は「こころからだ知性」の教育。

1868（明治１）年創立。幕末の混乱期に「混沌とした時こそ学問が必要」と、知恩院内に学問所が設けられたのが始まり。1909年、現在地に移転。12年、旧制中学校設立。47（昭和22）年、新制中学校設立。90（平成２）年、一貫コース設立。2012（平成24）年４月、新校舎完成。2014（平成26) 年、南館新校舎・新講堂竣工。2017（平成29）年、図書館・食堂をリニューアル。

京都市営地下鉄「蹴上」駅から徒歩約10分。周辺には南禅寺や永観堂などがあり、歴史と自然を感じることのできる恵まれた環境。生徒たちは折々の自然が楽しめる通学路を歩いて登校する。１人１台の顕微鏡を備えた生物教室をはじめ専門教室が充実。耐震性の向上もはかられている。

最難関国公立大を目指すユリーカコースと難関国公立大・難関私立大を目指すエースコースの２コース制をとっている。中３進級時にコース変更可能。また、中３ではエース特進コースを設置し、文系への対応も可能なスーパー文理進学カリキュラムを導入する。独自の「進路NAVIプログラム」を用意し、生徒が就きたい仕事を見つけ、その実現のために自分に合う大学・学部を見定めて、主体的に学べるよう指導している。英会話はクラスを半分に分けて実施。朝のホームルーム前には10分間読書を行っている。毎日の英単語テストをはじめ、各教科とも小テストが多い。また、芸術科目を「個性と表現力を育む重要な教科」と位置づけている。

自立への第一歩として、新入生がそろって知恩院内の会館で２日間を過ごす修養会が行われる。また、各学年とも８月に勉強合宿を実施。土曜講座では、さまざまな分野で活躍する社会人の話を聞いたり、会社訪問を実施したり、本物に触れることを目標とした講座が設定される。クラブ活動は、サッカー・野球など運動系11部、将棋・ロボット研究会など文化系７部が活動している。

・入試に向けて予想したR4（※）偏差値一覧
・入試結果R4（※）偏差値一覧

※『R4』とは、合格可能性を示す数値で、偏差値による合格率の各段階（RANGE＝レンジ）を示し、『R4＝80%、R3＝50%、R2＝20%』を意味します。