創立者 新島襄の建学の精神を受け継ぎ、生徒の自主性を重んじ、あらゆる場で生徒が主人公として活躍している。キリスト教を徳育の基本におき、全人格的な教育の完成を期す。同志社高校・同志社大学への推薦進学制度があり、生徒は自分の夢や目標を定め、将来への確かな見通しをもって勉学に励んでいる。生徒が各教科教室に移動する「教科センター方式」による新たな中学校教育の展開を目指している。

1875（明治８）年、新島襄らにより同志社英学校設立。1916（大正５）年、同志社中学校と改称。その後、学制改革により47（昭和22）年、男女共学の同志社中学校となった。2010（平成22）年８月に国立京都国際会館に隣接するキャンパスに移転し、全校舎が一新された。2015（平成27）年には創立140周年を迎え、記念事業挙行。

京都駅から地下鉄烏丸線で20分、国際会館駅を出ると目の前が新キャンパスの校門。自然豊かな環境のもと、中高合わせて約10万㎡の広大なキャンパスが広がる。大阪（梅田）駅からも約60分で通学することができる。2014年、iPad１人１台環境を開始した。

近畿の中学校では唯一「教科センター方式」を採用している。「教科センター方式」とは、教科ごとの専門教室・スペースがあり、そこに生徒が移動するというやり方。英・数・国・社をはじめとするすべての教科において「教科専門教室」で授業を行っている。独自のカリキュラム編成に加え、電子黒板等ICT機器を積極的に活用した授業で生徒たちの学習意欲を高め、より深い学習内容の理解を目指している。教科専門教室に隣接した「メディアスペース」（教科オープンスペース）と「教科ステーション」（教科教員室）では、充実した教材、生徒作品などの展示物を整備し、担当職員が気軽に生徒の質問や相談に応じ、一人ひとりに目が行き届く教育を目指している。課外授業も積極的に企画されている。移動することで、クラス・学年を超えた生徒同士の交流も盛んになっている。

毎朝、心静かに自己を見つめる礼拝から１日の学校生活が始まる。高校受験・大学受験を意識しなくてもよい一貫教育のもと、生徒たちはのびのびと明るい学校生活を送っている。１クラス36名の少人数学級で、さらに英語・コンピュータ等は18人授業を実施している。また、中学生専用としては全国有数の約４万冊の蔵書を誇る図書・メディアセンターを擁している。9の運動系クラブ、15の文化系クラブがあり、活発な活動が繰り広げられている。各学年でのキャンプや学園祭・体育祭・合唱祭などの諸行事が、自由な校風のもとで生徒たちのチームワークや問題解決能力を養っていく。医歯薬系学部・国公立大への進学者も少なくない。

・入試に向けて予想したR4（※）偏差値一覧
・入試結果R4（※）偏差値一覧

※『R4』とは、合格可能性を示す数値で、偏差値による合格率の各段階（RANGE＝レンジ）を示し、『R4＝80%、R3＝50%、R2＝20%』を意味します。