校訓として掲げられているのは「純潔」と「愛徳」。カトリックの理念に基づき、知的・道徳的・宗教的情操教育を行っている。キリスト教の原理を学び、常に真理を追究する真摯な態度と、いかなるときにも良心に従った行動をとることができる強固な意志を育み、結果として社会に貢献できる女性を育成することに重点をおく。

カトリック聖ヨゼフ宣教修道女会を母体として、1953（昭和28）年、まず幼稚園が設立された。つづいて55年に小学校、61年に中学校、64年に高等学校が開校。2015（平成27）年、学院創立60周年記念式典が挙行された。

中学校と高校が配置されている２万６千㎡もの敷地内には、広々としたグラウンド、２棟の体育館、プール、ダンスレッスン場、さらに、さまざまなシーンで使用されるコンサートホールなど、生徒一人ひとりの活躍の場となる環境を整備。また、快適な学習環境を保つために冷暖房を備え、多くの緑を植樹するなど、生徒がゆとりをもって学べる環境を提供している。

少人数制クラス編成で、担任の目が届く環境の中、じっくりと学習し、人間関係を丁寧に学ぶ。主要３教科は習熟度別授業を実施。７時間目に自主学習の時間を確保し、学習習慣の定着をはかるとともに、土曜日には指名制補習とハイレベル講習を実施し、学力向上のサポートを行っている。高校進学後は「選抜特進（国公立大対応）」「特進（難関私立大対応）」の２コース制となる。新しい学習のかたちとして実施している「ゆりっこStudy」プロジェクトは、社会で求められる『蓄えた知識をどう活用し、表現し、他者と協力し、社会に貢献できるかという力』を養う百合学院独自の取り組み。その活動は◆2019年度 百合学院教職員の組織が文部科学大臣優秀教職員表彰受賞◆2018年度 キャリア教育優良校として文部科学大臣表彰を受賞している。

本学院は伝統的に上級生と下級生の壁がなく、特にクラブ活動では、高校生の先輩に中学生が大切に育てられるため、同級生だけでなく、幅広い年齢のつながりやサポートが受けられ、「一生続くゆりっこのつながり」が生まれることが特長。

・入試に向けて予想したR4（※）偏差値一覧
・入試結果R4（※）偏差値一覧

※『R4』とは、合格可能性を示す数値で、偏差値による合格率の各段階（RANGE＝レンジ）を示し、『R4＝80%、R3＝50%、R2＝20%』を意味します。